Musyawarah Daerah PERSAKI Yogyakarta yang mengambil tema Meningkatkan Peran PERSAKI dalam Pembangunan Hutan Indonesia telah terselenggara. MUSDA diselenggarakan  pada tanggal 9 Januari 2009, bertempat di Aula Kantor Dinas Kehutanan dan Perkebunan Propinsi DIY. Acara dibuka dan ditutup oleh Ketua PERSAKI Cabang Yogyakarta Periode sebelumnya yaitu Prof. Suhardi sekaligus menyampaikan laporan pertanggungjawabannya. Sebelum acara mulai, dilakukan doa sejenak untuk sekretaris PERSAKI Alm. Deni Rusdianto yang meninggal pada tanggal 7 November 2008. Acara ini dihadiri 44 orang peserta dari instansi kehutanan, perguruan tinggi maupun NGO.

MUSDA juga isi dengan pemaparan makalah “Peluang dan Tantangan KPH Yogyakarta” oleh Bapak Ir. Akhmad Dawam, Kepala Dinas Kehutanan dan Perkebunan Propinsi DIY. Luas kawasan hutan DIY 5,6% dari luas wilayah, padahal dalam UU No. 41 menyiratkan luas kawasan hutan proporsional 30% dari luas wilayah. Perhatian untuk hasil hutan non kayu seperti minyak atsiri, jasa lingkungan perlu dikembangkan. KPH Yogyakarta yang pertama disahkan karena sudah siap dari aspek pengelolaan, kawasan hutan dan sumberdaya.

Ketua Umum PERSAKI, Prof. San Afri Awang mengemukakan kepentingan PERSAKI secara keseluruhan, profesi akan diukur dari etika dan kinerja, dan ini belum dimiliki oleh sarjana kehutanan dan pertanian. Menurut UU tenaga kerja, berbeda antara profesi dan skill. Sarjana kehutanan tidak mungkin menjadi grader maupun tukang ukur. Kira-kira tidak akan sama antara LSPHI dan PERSAKI. PERSAKI akan membangun sendiri profesinya. PERSAKI akan membuat demplot sendiri sebagai kerja PERSAKI. Paling tidak di daerah ada 100 Ha sebagai contoh diluar intervensi politik. Penguatan DPD PERSAKI sudah bergerak, paling tidak ada 9 DPD. Profesi kita tidak dihargai orang, sehingga rumah kehutanan harus dipimpin orang kehutanan. Ada kesepakatan PERSAKI dan Perhutani yang akan membangun lahan hutan rakyat 5000 Ha, dengan koordinasi dengan dinas. Hal ini dalam rangka meningkatkan angka 30 % kawan hutan, walaupun baru mencapai angka 11%. Dalam waktu dekat ada safari politik, Februari akan ada media untuk politik kehutanan dan panggung politik, agar sarjana kehutanan tidak lagi menjadi penonton tapi terjun langsung. Pada saat bersamaan kita memikirkan hutan kita agar tidak rusak dan pengembangan profesi. Media lain yang akan dikembangkan yaitu jurnal PERSAKI dan jurnal antara fakultas kehutanan IPB dan UGM. PERSAKI independent untuk persoalan politik dan partai, bukan PERSAKI dibawa ke politik, ungkap Ketua Umum PERSAKI.

Salah satu agenda dari musyawarah daerah ini adalah pemilihan ketua Dewan Pengurus Daerah PERSAKI Yogyakarta  periode 2009 - 2012. Calon yang diusulkan hanya satu orang yaitu Bapak Akhmad Dawam dan secara kesepakatan bulat dipilih sebagai Ketua PERSAKI Cabang Yogyakarta. Selain memilih ketua, Musyawarah Daerah PERSAKI Yogyakarta juga memilih dewan kehormatan yang direncanakan akan dipilih 3 orang.  Calon yang diusulkan ada 7 orang yaitu Ismugiono, Djohan, Murbani, Satyawan, Sutrisno, Heri Santoso dan Tri Prasetyo. Hasil dari pemilihan dewan kehormatan ini adalah Ismugiono (BPKH XI), Murbani (Dishutbun Gunungkidul) dan Heri Santoso (NGO).

Selanjutnya Ketua DPD PERSAKI Yogyakarta telah memilih sekretaris dan bendahara yang akan melaksanakan tugas organisasi. Mereka adalah Gunawan Wibisono (Dishutbun DIY) dan Eko Budi Wiyono (Javlec) sebagai sekretaris dan Sri Haryanto  (Dishutbun DIY) sebagai bendahara.